Указом Президиума Верховного Совета СССР от 16 декабря 1987 года за большие заслуги в коммунистическом воспитании, обучении, гражданском становлении детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, Клименко Екатерине Андреевне присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».. Награждена орденами Ленина (16 декабря 1987), Трудового Красного Знамени (1978), медалями, нагрудными знаками «Отличник народного просвещения РСФСР», «За заслуги перед городом Бийском» 1-й степени. Почётный гражданин города Бийска (1996). Её имя занесено в Книгу почета Министерства просвещения РСФСР и республиканского комитета профсоюзов работников просвещения.